真耶穌教會的歷史，並不是一本完美和諧的故事；其中有對道理的爭論，有人與人之間的紛爭，但她也已走過95年了。雖然，在台灣原住民信徒和傳道人於日本時代曾遭遇逼迫；在中國大陸曾遭遇艱難，傳道工人和信徒有多人被下監牢，甚至有人因而為主殉道；在非洲信徒現在仍處逼迫患難中，但主的道不被綑綁，仍在各處蓬勃前進。
今天，中國有數百萬的弟兄姊妹，在「真耶穌教會」的名下敬拜 神、傳福音、守道理。有的地區姊妹必須蒙頭，有的地區不必蒙頭；有的地區每年互相洗腳一次，有的沒有；有的地區有嚴緊的組織，有的地區沒有組織，弟兄姊妹親如一家人，人人藉著聖靈所賜的恩賜做主工…雖然從過去到現在，一直存有道理上的爭論，在組織運作上甚至有互相除名之舉，但各處仍都在聖靈的澆灌與同工下，各自成長發展…
我們仔細深思反省，儘管人多麼的軟弱， 神對我們仍有滿滿的憐憫，也在各處持續以聖靈為此恩道作見證。因為所有各處的「真耶穌教會」都仍謹守遵行傳揚祂所託付的真理：守安息日、奉主耶穌聖名低頭受大水洗、以無酵餅和葡萄汁辦聖餐、洗腳禮、得聖靈以說方言為憑據。這些道理在人的歷史傳統下，已流失被棄絕，神所要的就是我們忠心地遵行傳揚此道理。至於在此真道的根基上，各人或用金、銀、寶石、草木、禾稭建造自己的工程，在主來的日子，祂會用火試驗各人的工程。若存得住，就要得賞賜；若被燒了，雖然得救，乃像從火裏經過一樣。聖靈的同工，證明我們所傳的道為 神所喜悅；但各人傳道守道的用心與努力，則將在主再來時顯露受審。
另一方面，1949年以後，當中國大陸的教會無法與外面聯絡，也處在艱難的時期；神的慈愛眷顧在台灣的教會，日日茁壯，於1956年成立台灣總會。從1961年起台總開始差派傳道工人探訪日本教會，前往沙巴協助聖工，也與香港、馬來亞、新加坡、印尼、韓國、日本等各國的教會加強聯絡。這些國家的教會，都是在1949年以前由中國大陸的傳道工人開拓建立的。但因時局的變化，彼此分散少有聯絡。1967年在台灣舉開第一屆各國教會代表大會，成立世界聯合總會，其宗旨在於加強各國教會間密切連絡與互助；協調各國傳道工人，積極推行世界傳道。(楊約翰長老曾為聯總定義：聯總是聯合總會，不是總聯合會；聯總在實質及運作上，是連繫協調各國總會的潤滑劑，不是組織結構性質的各國總會的上頭總會)。在 神的祝福和帶領下，聯總成立後，聯總傳道與馬、新、台灣教會的傳道工人，陸續在泰國、印度、緬甸、菲律賓開拓建立教會；聯總傳道也與美國、英國的傳道工人在非洲開拓建立教會。
今日在中國的教會，已開放且繼續蓬勃地在內地傳福音、建立教會；世界傳道的工作仍有許多地方要努力。面對過去的歷史、以及現在的情況、更要完成將來的使命，真耶穌教會的各肢體，應如何自處與彼此對待…
回顧歷史，審慎觀察現況，我們已可明確的了解，聖靈同工的原因，在於各處教會都忠心的傳揚「主耶穌親口懇切吩咐的有關得救的道理」:
我實實在在地告訴你(們)，人若不是從水和聖靈生的，就不能進 神的國。
我實實在在地告訴你們，你們若不吃人子的肉，不喝人子的血，就沒有生命在你們裏面。吃我肉、喝我血的人就有永生，在末日我要叫他復活。
我是你們的主，你們的夫子，尚且洗你們的腳，你們也當彼此洗腳。我給你們作了榜樣，教你們照著我像你們所做的去做。我實實在在地告訴你們，僕人不能大於主人，差人也不能大於差他的人。你們既知道這事，若是去行就有福了。
再加上 紀念神創造的恩典與大能，所當守的安息日。
至於其他道理的了解與遵行、崇拜儀式的執行，將是各地教會及各人照各自的信心而行；就如使徒教會在行割禮上，讓猶太信徒與外邦信徒自行選擇，但絕不可強迫對方。保羅在寫給哥林多教會的信中，對信仰生活的行為指導，也是要各人以自己的信心為判斷的依據，但他也提醒大家在個人的信心與自由之外，更要加上愛心，造就軟弱的人。
「五大教義」(為文字上的精簡暫且用之，但絕不止於文字上和形式上的字義)既然是 神悅納各處真耶穌教會，並以聖靈同工，為教會作證的「共同基礎」(Common Base)；我們就不可相互加上其他的要求與約束，自以為最真最大，要別人完全跟我一樣。全球傳福音的工場又廣又大，神更期待大家努力去收莊稼；我們應該學習耶路撒冷教會的使徒放下有關割禮的爭論，與保羅和巴拿巴用右手行相交之禮，各自往 神所指定的工場傳道，但互相記念幫助。
另一方面，在中國大陸以外的教會， 神也藉由聯總的成立，開啟世界宣道之門。以聯總創立初期的宗旨，和她運用簡單靈活的協調功能，開拓建立非洲、東南亞、印度各區的教會。更以中國各地教會的現況來看，組織小而巧(或鬆但有秩序)的教區，其聖工的活潑與發展，大大勝過組織龐大而嚴緊的教區。
組織的建立與強化是傳真理和遵從真理的阻力，而非助力。首先它會誘使教會工人汲汲於權位的追求，日夜開會思考如何發揮組織的功能，不再專心以祈禱、傳道為事。今年三月在韓國舉開聯總負責人會後，即聽聞林永基將出任台總總負責，而台總總負責將在明年三月接任聯總總負責。當時驚訝不已，認為不可思議；在 神的家中豈會有如此自相安排、私下授受之事；且這又置各國總會與世界代表大會於何種地位。現在前半部果然如所運作的成真，令人對台灣教會的組織與運作憂心痛心。
聯總近年來擴大組織結構，普設各部副部負責，已偏離以宣道為主的工作與協調性的功能，反朝向結構性的總會偏移。更何況再如何擴大，決不可能以信徒數只涵蓋八萬的聯總，去組織帶領數百萬的信徒。聯總如能珍惜持續神過去的帶領與祝福，善用各國有恩賜的傳道和義工，專心致力於宣道開拓的工作。則在傳福音的事工上，將可繼續結合各國教會的力量，為主打美好的一仗。
如聯總、台總仍認為組織的建立與權威需繼續維護，也可自己往那方向去努力。但對一心嚮往傳道開拓的弟兄姊妹，則應以祝福之心，互行相交之禮，各人以個人對主的領受與負擔做自己認為該做的工。因我們都是被神託付「五大教義」的使命，神在意的，只有我們是否忠心遵守傳揚，祂所託付我們的與得救有直接關係，卻又被人因歷史傳統所遺棄的真道。只要不偏離 神的託付，祂就會施恩，以神蹟奇事和聖靈的澆灌作證。
各處教會雖在一些崇拜儀式、崇拜服飾、守節期、洗腳禮的執行、甚或其他深奧道理的瞭解，或有不同，甚至爭論。但我們要謹慎，不可僭越，不可因在一些經文上的了解不同，而否認拒絕忠心傳揚神所託付的道理又有聖靈隨著作證的弟兄姊妹。今日在全世界，真耶穌教會的肢體組織很多，各自獨立，忠心為主作見證； 神也都與他們同在，以聖靈的澆灌為各肢體作證。人更不可以自我為中心，自認只有屬我這組織，才會被神認可，因而否認限制阻擋弟兄為主工作。從教會的歷史及現況已可看清，組織作用有所節制，則 神的同工與作為越大。祈求 神讓我們真的知道祂、敬畏祂、以祂為尊為大。我們一切所求、所做的，都是為祂和為祂所賜福託付我們的真道。將來我們也都必須各自在主面前交付自己從主所領的帳。
主耶穌在世傳道的時候，他「有所不為」：
他不爭競，不喧嚷；壓傷的蘆葦他不折斷，將殘的燈火他不吹滅。
雖面對艱難、困苦、逼迫，他仍堅持「有所為」：
他常暗中自己上山禱告
他的食物就是遵行差我來者的旨意，做成 神的工。
他心裡柔和謙卑。
他不求自己的意思，只求那差他來者的意思。
沒有人奪他的命，是他自己捨的。
如果因為這幾年來聯總行政上的缺失，讓我們有機會，對真耶穌教會全體的過去與現況，做深入審慎的觀察與檢討。也讓我們看到神一直以來對教會的期許和帶領，循此蹤跡，真正尋出教會將來的途徑，這也是 神的憐憫，給我們修正方向的契機。也讓我們跟隨主耶穌的腳蹤行，往後能分辨甚麼事必須「有所為」；甚麼事必須「有所不為」。
